El laboratorio se crea por un convenio con la Secretaria de agricultura del departamento de Antioquia y la Universidad Nacional de Colombia Sede Medellín. Es nombrado como director el Dr G. Jaramillo Madariaga.
A Mediado del año 1957 se finaliza el convenio con la Secretaria de agricultura del departamento de Antioquia y el laboratorio pasa a ser enteramente de la Universidad Nacional de Colombia Sede Medellín.
Se realiza un convenio con el gobierno Japonés para realizar capacitaciones en el área de química y génesis del suelo, Nombrando como director del laboratorio al Dr. Yoshiro Matsuo.
El Laboratorio es trasladado del bloque 41 al segundo piso del bloque 14 y pasa a pertenecer a la facultad de Ciencias - Escuela de Geociencias.
En el año 1988 se realiza convenio con la Federación Nacional de Cafeteros, lo que motiva la modernización del laboratorio.
Se adscribe el laboratorio a los ensayos de aptitud organizados por CALS (Control Analítico de laboratorios de Suelos) dirigido por la Sociedad Colombiana de Ciencias del Suelo.
Se extiende los servicios a nuevos sectores de producción de frutas tropicales, floricultura y horticultura.
El laboratorio incrementa el número de análisis y adquiere nuevos equipos (equipo de Absorción Atómica 300, equipo de Ultra Violeta Visible Landa 25, entre otros). El mayor volumen de operación demandó mayores insumos, hizo necesario ampliar la planta de personal y motivó la creación de una bodega de reactivos y suministros.
En 2002 se nombra al Profesor Orlando Simón Ruiz Villadiego, actual Coordinador, y con su nombramiento se realizó la remodelación de los diferentes espacios del laboratorio.
En 2005 se desarrolla el software para el almacenamiento y reporte se resultados.
En 2009 por medio de la resolución número 067 se oficializa la existencia del Laboratorio de Suelos: Análisis Químico, adscrito a la Faculta de Ciencias. En este mismo año, por acuerdo número 036, el Consejo Superior Universitario reglamenta los servicios de extensión en la Universidad Nacional de Colombia.
En 2010 por acuerdo número 001 se adoptan disposiciones para el funcionamiento de los laboratorios de investigación, docencia y extensión de la sede Medellín.
Comprometido con el aseguramiento de la validez de los datos, el laboratorio inicia en 2017 su participación en ISE, programa desarrollado por la organización WEPAL (Wageningen Evaluating Programs for Analytical Laboratories), perteneciente al Departamento de Calidad de Suelos de la Universidad de Wageningen de los Países Bajos, líder mundial de ensayos de aptitud en el campo de análisis de suelos. Cumplido este requisito –indispensable para la acreditación– continua el proceso de implementación del Sistema de Gestión bajo los requisitos de la NTC ISO/IEC 17025.