El 23 de octubre de 1975, mediante Acuerdo número 80, el Consejo Superior Universitario estableció una nueva estructura académica para la Sede de Medellín con el fin de dotarla de las unidades propias de un centro universitario completo. 

Esta providencia del Consejo Superior fue fruto del desarrollo y madurez de los grupos académicos que germinaron en las antiguas Escuelas de Agronomía, Arquitectura y Minas y fue también el resultado final de un proyecto que presentaron las directivas de la Sede, luego de una consulta amplia a la comunidad universitaria, en la que se destacaron los avances científicos y tecnológicos, y los problemas económicos y de carácter social de la región y del país. Como resultado de este análisis se señaló la necesidad de impartir una sólida formación en Ciencias Básicas, Naturales y Exactas y en Ciencias Humanas y Económicas. Fue así como se crearon las Facultades de Ciencias y Ciencias Humanas y Económicas, en la Sede de Medellín. 

Antes de poner en marcha la reforma académica de 1975, la enseñanza de las Ciencias estaba en manos del Departamento de Química y Biología, estos pertenecían a la Facultad de Agronomía. Al crearse la Facultad de Ciencias estos Departamentos fueron trasladados a la nueva Facultad, dando lugar a dos nuevas unidades académicas y administrativas: el Departamento de Química y el Departamento de Biología, este último integrado por las secciones de Microbiología, Botánica, Zoología y Genética.

En el momento de la creación de la Facultad de Ciencias, el Departamento de Biología tenía cuatro áreas consolidadas: Entomología, que apoyaba los estudios para la siembra de banano en la región de Urabá, y de algodón en el occidente antioqueño; el Laboratorio de Biotecnología (hoy Laboratorio del Cultivo de Tejidos), el Laboratorio de Microbiología y el Laboratorio de Investigaciones Melitológicas y Apícolas ubicado en el cerro el Volador. 

Inicialmente el Departamento de Biología estuvo encargado de impartir a los programas curriculares de Ingeniería Agrícola, Economía Agrícola, Ingeniería Forestal, Agronomía y Zootecnia, asignaturas de servicio como Genética, Microbiología, cursos generales de Biología, Botánica y Entomología, Fisiología vegetal, Fitopatología, Entomología económica, Control de enfermedades, Control de plagas, Botánica taxonómica, Entomología forestal, Patología forestal y las electivas: Conservación de alimentos y Microbiología de la leche. 

Desde los inicios, el Departamento de Biología comenzó a gestar proyectos para crear programas curriculares de pregrado y postgrado. Primero creó la Especialización y la Maestría en Entomología (1993) luego creó la Especialización y la Maestría en Biotecnología (1997), y posteriormente se creó el programa de Ingeniería Biológica (2003). Con estos proyectos el Departamento de Biología se constituyó en pionero del trabajo académico en la ciudad de Medellín. En un primer momento lideró la docencia y la investigación en el área ambiental, a partir de la década de 1990 impulsó áreas como la Entomología y el desarrollo de proyectos biotecnológicos. 

El Departamento de Biociencias se ha caracterizado por prestar servicios a las facultades de Minas y Ciencias Agrarias, especialmente a las carreras de Agronomía, Zootecnia e Ingeniería Forestal. El fortalecimiento de los laboratorios del Departamento de Biología estuvo asociado a la creación de los postgrados en Entomología, Alimentos y Biotecnología y a la creación de la carrera de Ingeniería Biológica, con el propósito de preparar profesionales con sólida formación en Ciencias Exactas y Naturales, con capacidad de desarrollar y conducir procesos biológicos en condiciones de competitividad económica y sostenibilidad ambiental, para contribuir al desarrollo nacional. Las justificaciones que se esgrimieron para crear el nuevo pregrado en Ingeniería Biológica fueron que el profesional podía desarrollar destrezas y habilidades para la formulación, realización y evaluación de proyectos en el campo de los procesos biológicos, y aumentar sus capacidades para la participación activa en el trabajo interdisciplinario en el sector académico e industrial.

La Escuela de Matemáticas ofrece los cursos de fundamentación matemática a estudiantes de muchas carreras de la sede. Estamos comprometidos a ofrecer excelentes cursos, a mantenerlos actualizados, y a mantener un nivel de exigencia de acuerdo a la excelencia de nuestra institución. Actualmente, los cursos de servicio son: