El Consejo Superior Universitario en 1.975 estableció para la Sede Medellín una nueva estructura académica con el fin de ofrecer una sólida formación en Ciencias Básicas, Naturales y Exactas y en Ciencias Humanas y Económicas, por lo cual se acordó la creación de la Facultad de Ciencias y la Facultad de Ciencias Humanas y Económicas de la Sede Medellín.  

Inicialmente, la Facultad de Ciencias estuvo integrada por los Departamentos de Matemáticas, Física, Química, Biología y Ciencias de la Tierra. Posteriormente, en 1983 se fundó el Instituto de Ciencias Naturales y Ecología -ICNE, con el fin de impulsar el trabajo interdisciplinario.  

En la actualidad la Facultad de Ciencias cuenta con las siguientes unidades académicas: Biociencias, Ciencias Naturales, Estadística, Enseñanza de las Ciencias, Física, Geociencias, Matemáticas y Química.